La Puglia è la regione più orientale d'Italia: Punta Palascìa, presso Otranto, nel Salento, dista circa 80 km dalle coste dell'Albania e costituisce il punto più ad est del Paese.
È bagnata dal mar Adriatico e dal mar Ionio ed è la regione dell'Italia continentale con la più lunga estensione costiera. Oltre che dal mare, i confini della regione sono segnati dal corso del fiume Fortore, dal Subappennino Dauno e dalla depressione bradanica.
Salvo il tratto finale dell'Ofanto, nessun fiume pugliese è navigabile. Le acque interne sono scarse e includono per lo più alcuni laghi costieri, tra i quali quelli di Lesina e Varano e i laghi Alimini. Il lago di Occhito, al confine col Molise, è un bacino artificiale realizzato recentemente dall'Acquedotto Pugliese per fronteggiare le frequenti crisi idriche della regione.Il suo territorio è pianeggiante per il 53,3%, collinare per il 45,3% e montuoso solo per l'1,5% il che la rende la regione meno montagnosa d'Italia. I monti più elevati si trovano nel subappennino Dauno, dove si toccano i 1152 m del Monte Cornacchia, i 1145 m del monte Saraceno e i 1105 m del monte Crispignano, e sul Gargano con i 1055 m del monte Calvo.
Le pianure sono costituite dal Tavoliere delle Puglie, che occupa quasi la metà della Capitanata, dalla fascia costiera della Terra di Bari e dalla Pianura Salentina. Il territorio collinare pugliese è suddiviso tra le Murge e le serre salentine. Gli unici elementi montuosi si trovano in provincia di Foggia e sono Il subappennino Dauno (noto anche con i toponimi Monti Dauni o Monti della Daunia).