Le piogge, fenomeno quasi del tutto invernale, sono scarse. La media pugliese si attesta sui 500-600 mm annui, una piovosità maggiore è registrata laddove i rilievi fanno da scudo ai venti, come nel il Gargano, che registra 1.000 mm all'anno.
Nel 2003 le temperature minime estreme oscillavano solitamente tra -3,8 °C di Foggia Amendola e +1,4 °C di Brindisi. Nello stesso periodo si sono rilevate le precipitazioni più abbondanti presso la stazione meteorologica di Santa Maria di Leuca (830,0 mm), mentre quelle meno abbondanti si sono registrate presso la stazione meteorologica di Foggia Amendola (576,8 mm).
Tra i fenomeni estremi che hanno fatto la storia della meteorologia italiana, è certamente da annoverare un tornado che, nel pomeriggio del 19 agosto 1976, colpì la località di Sava e le campagne circostanti, fino ad esaurirsi nei pressi di Manduria. Il suo passaggio determinò precipitazioni molto intense e venti di fortissima intensità che causarono ingenti danni.